configureのやり直しって全部消したりしますよね。
ちゃんとやり直しのコマンドがあるんです。
一文を抜粋させていただきます.

もしかすると、configure が原因でコンパイルエラーが出ている可能性だってあるわけですよ。
そしたら、次のコマンド。

user$ make mrproper

これで、完全にソース内は最初の状態にもどったことになります。

• makeコマンドのやり直し - REDHATの男
  () @ 2008/10/25 10:28:56
  REDHAT(LINUX)の初心者の成長ぶりを記録したもの